Организация
т.е. вы хотите чтобы сумма за захоронение перечислялась отдельным платежом по договору с орг2 на орг.1 ?
по моему бред, вы работаете по договору с орг.1 вам оказывают услугу по вывозу от вас отходов, а что они потом с ТБО делают - это их дело, пусть хоть едят.
Если это нужно для согласования ПЛОЛР - то в договоре просто указывают полигон куда размещают ваши ТБО.
Организации 1 и 2 на УСН?